Rezonans magnetyczny jest bezbolesnym badaniem trwającym ok. 15-40 minut w zależności od badanego obszaru i ilości używanych sekwencji. Nie występują żadne przeciwwskazania dotyczące jedzenia i picia przed badaniem, pacjent może również normalnie przyjąć swoje leki (chyba, że lekarz zadecyduje inaczej).

Specyfika działania rezonansu wymaga, by usunięte zostały wszelkie zdejmowalne metalowe elementy z ciała pacjenta, np. biżuteria, sprzączki od paska, biustonosze z drucianymi wstawkami, okulary, aparaty słuchowe. Jeżeli pacjent posiada protezy, implanty czy urządzenia elektroniczne, musi uprzedzić o tym personel, aby uniknąć komplikacji w trakcie trwania rezonansu.

W kolejnym etapie pacjent zostaje ułożony na ruchomym stole aparatu w pozycji zależnej od badanego obszaru. W każdej jednak ewentualności zabezpieczone zostają uszy badanego, by do maksimum zniwelować dyskomfort związany z głośnymi dźwiękami wydawanymi przez cewki rezonansu. W niektórych przypadkach na ciało pacjenta może zostać nałożona specjalna rama z czujnikami, która ma na celu polepszenie jakości obrazu. Zazwyczaj odbywa się to, gdy obszarem badanym jest głowa i klatka piersiowa.

Po ułożeniu pacjenta elektroradiolog opuszcza pomieszczenie, by operować aparatem z jednostki komputerowej znajdującej się w sąsiednim pomieszczeniu. Przez cały czas widzi jednak pacjenta dzięki szybom i kamerom. Komunikacja jest zachowana za pośrednictwem interkomu.

W trakcie badania wykonuje się serie skanów. Pojedyncze trwają od kilku sekund do 3-4 minut. Podczas niektórych pacjent może zostać poproszony o krótkotrwałe wstrzymanie powietrza. Jeżeli zachodzi taka potrzeba, w pewnym momencie badanie zostaje przerwane w celu podania środka kontrastowego. Pielęgniarka wstrzykuje kontrast do wenflonu bądź bezpośrednio do żyły i opuszcza pomieszczenie. Wykonane zostają następnie dodatkowe skany z kontrastem wypełniającym niektóre struktury, co polepsza widoczność możliwych zmian.

Gdy wszystkie sekwencje dobiegną końca pacjent zostaje wysunięty z aparatu. Jeżeli użyty został środek kontrastowy, obsługa może poprosić o pozostanie chwilę na miejscu, by upewnić się, że nie dojdzie do reakcji alergicznej. Po badaniu kontrastowym zaleca się też picie większej ilości wody, by środek kontrastowy szybciej opuścił organizm pacjenta.

Po MRI można kontynuować naturalny tok dnia, badanie nie ma wpływu na organizm, nie jest przeciwwskazaniem do prowadzenia maszyn.

Wyniki zostają ocenione i opisane przez lekarza radiologa, więc nie otrzymuje się wyniku bezpośrednio po badaniu, a po upływie kilkunastu dni od wykonania skanów.